ARS là cơ quan nghiên cứu khoa học lớn của Bộ Nông nghiệp Mỹ.Cùng với Cơ quan kiểm tra và an toàn thực phẩm, cơ quan kiểm tra sức khoẻ động thực vật Bộ Nông nghiệp Mỹ, năm 2003, ARS đã bắt đầu chương trình Cộng tác nghiên cứu dịch tễ an toàn thực phẩm và sức khoẻ động vật CAHFSE (còn gọi là “calves”). Mục tiêu của chương trình là tìm ra mầm bệnh phát sinh từ trang trại tới nơi chế biến và sau đó là các gian hàng bán lẻ.

Mặc dù có sự can thiệp đáng kể cùng những nỗ lực nghiên cứu và theo dõi giám sát thường xuyên nhưng bệnh dịch có nguồn gốc từ thực phẩm vẫn bùng phát. Không những thế, sự xuất hiện của những vi khuẩn trong thực phẩm có khả năng kháng lại những biện pháp khử trùng khiến nhiều người lo ngại.

Lợn là động vật nuôi lấy thịt đầu tiên được giám sát theo chương trình CAHFSE. Các quy định về lấy mẫu, kiểm tra và phân tích cụ thể được đưa ra áp dụng trên toàn quốc để xác định sự hiện diện của khuẩn Salmonella, Campylobacter, Escherichia coli và Enterococcus ở trang trại và trong các nhà máy. Mặc dù ngành thịt lợn đã có cải tiến đáng kể trong việc đáp ứng những tiêu chuẩn phát hiện Salmonella từ năm 2005 với hơn 90% đạt tiêu chuẩn nhưng vẫn còn nhiều vấn đề cần phải cải tiến hơn nữa.

Do các mầm bệnh thay đổi theo thời gian nên cần phải có sự thu thập thông tin trong một thời gian dài và theo chuỗi sản phẩm để xác định ảnh hưởng, bất kỳ thay đổi đặc biệt nào liên quan tới sức khoẻ động thực vật sẽ phải nghiên cứu kỹ như đặc trưng của vi khuẩn, và sự xuất hiện của nó. CAHFSE là hệ thống quốc gia đáp ứng nhu cầu luôn thay đổi của ngành thực phẩm.