Sau khi tạm nộp hơn 14 tỉ đồng, công ty đã nộp đơn khiếu nại, yêu cầu xem xét lại các căn cứ pháp lý của việc xử lý vi phạm nói trên. Cục Thuế Đồng Nai không thụ lý giải quyết mà chuyển toàn bộ hồ sơ sang cơ quan công an. Tháng 2.2008, Công an tỉnh Đồng Nai đã có quyết định khởi tố vụ án để điều tra đường dây "chạy" miễn giảm thuế, trong đó có liên quan đến doanh nghiệp nói trên.