Theo đó, đối tượng được giảm thuế thu nhập cá nhân là cá nhân bao gồm người Việt Nam và người nước ngoài cư trú hoặc không cư trú tại Việt Nam theo quy định của Pháp luật thuế, trực tiếp làm việc tại các khu kinh tế. Cán bộ, công chức và người lao động làm việc theo hợp đồng với Ban quản lý khu kinh tế, các cơ quan quản lý nhà nước; các tổ chức, cá nhân có hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh trong khu kinh tế, nhưng không trực tiếp làm việc tại khu kinh tế không thuộc đối tượng được giảm thuế thu nhập theo hướng dẫn tại thông tư này.

Thu nhập làm căn cứ tính số thuế thu nhập cá nhân được giảm theo quy định tại thông tư này gồm: Thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công mà cá nhân nhận được khi làm việc tại khu kinh tế.

Cụ thể: Đối với cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công, hàng tháng căn cứ vào tổng thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công trả cho người lao động làm việc trong khu kinh tế, tổ chức, cá nhân trả thu nhập tính số thuế thu nhập cá nhân phải khấu trừ theo quy định. Căn cứ số thuế phải khấu trừ, tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện nộp 50% số thuế khấu trừ vào ngân sách nhà nước. Số thuế được giảm, tổ chức, cá nhân trả thu nhập hoàn lại cho người lao động.

Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công thuộc đối tượng phải trực tiếp khai thuế tháng với cơ quan thuế thì căn cứ vào số thuế khai tạm nộp hàng tháng, cá nhân thực hiện nộp 50% số thuế phải nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.

Đối với cá nhân, nhóm cá nhân có thu nhập từ kinh doanh: Hàng quý, cá nhân, nhóm cá nhân kinh doanh nộp thuế theo kê khai thuộc đối tượng được giảm 50% thuế thu nhập cá nhân tự tính số thuế tạm giảm, số thuế còn phải nộp và nộp vào ngân sách nhà nước.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký và được áp dụng giảm 50% số thuế thu nhập cá nhân phải nộp đối với cá nhân có thu nhập phát sinh tại khu kinh tế kể từ ngày 1-1-2009.