Theo nhận xét của Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Diệp Kỉnh Tần, việc chuyển đổi mô hình sản xuất, kinh doanh của các nông lâm trường thời gian qua gặp rất nhiều khó khăn, thậm chí nhiều nông lâm trường chỉ đổi tên thành công ty chứ không có sự chuyển biến trong mô hình, cơ chế hoạt động. Những vấn đề "nóng" tại hội nghị chính là việc bàn giao và sử dụng đất đai, cơ chế chính sách hoạt động của các doanh nghiệp nông nghiệp, lâm nghiệp sau chuyển đổi.
Trước khi được sắp xếp, 697 nông lâm trường trên cả nước quản lý tới gần 4,62 triệu ha đất rừng, trong đó đất lâm nghiệp chiếm trên 3,615 triệu ha, còn lại là các loại đất nông nghiệp, đất cho thuê mượn, đặc biệt có tới hơn 53.655 ha đất bị lấn chiếm, xâm canh.
Theo đề án đã được Chính phủ phê duyệt, sau khi tiến hành sắp xếp lại, các nông lâm trường sẽ phải bàn giao lại cho các địa phương là 757.338 ha, nhưng hiện mới tiến hành bàn giao được 24.461 ha, tức còn trên 730.000 ha vẫn chưa được bàn giao đang bị bỏ hoang hoá hoặc sản xuất không có hiệu quả.
Ngay bản thân Ban Chỉ đạo sắp xếp, đổi mới các nông lâm trường (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) cũng phải thừa nhận: tình trạng đất sản xuất trong các nông lâm trường quốc doanh bị lấn chiếm rất phức tạp, một số địa phương và các nông lâm trường gần như không có sự phối hợp trong việc giải quyết tranh chấp đất đai.
Ông Nguyễn Thanh - UBND tỉnh Tuyên Quang nêu khó khăn, hiện đất đai của các nông lâm trường thuộc rất nhiều đơn vị quản lý, chỗ thì thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, chỗ lại thuộc các tổng công ty, nên khi triển khai bàn giao, thường rất "vướng" về các thủ tục hành chính.
Đặc biệt, số diện tích phát sinh đất cần bàn giao vượt rất nhiều so với kế hoạch do nhiều nông lâm trường sau khi chuyển đổi thành các công ty nông nghiệp đã tự trả lại đất do kinh doanh không hiệu quả, chẳng hạn như Nông trường Sơn Dương (huyện Sơn Dương, Tuyên Quang) đã trả lại cho tỉnh tới 1.000 ha.
Cũng liên quan đến vấn đề đất đai của các nông lâm trường, khá nhiều ý kiến tỏ ra rất bức xúc về vấn đề sử dụng đất sau khi thu hồi. Phó chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái Nguyễn Văn Bình nhận xét: "Trên thực tế, chúng tôi đã giao được 4.500 ha đất cho các doanh nghiệp tư nhân, ở những nơi này họ kinh doanh rất có hiệu quả nhưng đối với những công ty lâm nghiệp chuyển đổi từ lâm trường thì hoạt đọng kinh doanh lại đang tắc bởi về nguyên tắc thì doanh nghiệp này được giao rừng sản xuất để kinh doanh nhưng lại không được tự chủ trong khai thác gỗ và các sản phẩm khác từ rừng vì không có... chỉ tiêu".
Đồng tình với ý kiến này, Phó chủ tịch UBND tỉnh Quảng Trị Nguyễn Đức Cường cho rằng, không nên bắt các nông lâm trường chỉ trồng rừng, mà không được khai thác. Cụ thể như ở Quảng Trị, cả tỉnh có 4 nông lâm trường với diện tích 90.000 ha đã được thu hồi, giao cho các doanh nghiệp và địa phương quản lý. Nhưng nhiều doanh nghiệp hiện đang rất kêu vì họ không được khai thác cả phần rừng dự án.
Do đó, ông Cường đề nghị, đối với các doanh nghiệp đã được giao đất, nên có chủ trương cho họ khai thác rừng sản xuất, đồng thời cho phép chuyển đổi các diện tích rừng không hiệu quả sang trồng các cây công nghiệp như cao su, cà phê.
Ngoài ra, hầu hết các doanh nghiệp được chuyển đổi từ nông lâm trường đều gặp khó khăn rất lớn do vốn nhà nước chỉ đạt trên 7,2 tỷ đồng/nông trường, gần 5,5 tỷ đồng/lâm trường trong khi nhu cầu vốn theo quy định khi chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp lại lớn gấp nhiều lần. Hệ quả là nhiều nông lâm trường dù đã xác định được nhu cầu vốn điều lệ nhưng vẫn không thể tiến hành chuyển đổi do không được ngân sách địa phương bổ sung đủ vốn, không xây dựng được phương án trả nợ phù hợp.
Trong khi đó, những nông lâm trường có tài sản là vườn cây, rừng lại "vướng" trong việc xác định giá trị vườn, rừng nên không định giá được nông lâm trường và không triển khai được việc cổ phần hoá thí điểm cơ sở chế biến gắn với vườn cây hoặc rừng. Chủ tịch Hội đồng Quản trị Tổng công ty Lâm nghiệp Việt Nam Trần Đức Sinh bức xúc: "Để đạt đến tiêu chí mỗi nông lâm trường có giá trị vốn bình quân ít nhất là 30 tỷ đồng, cần phải khẩn trương xác định giá trị thực của vườn, rừng tạo cơ sở cổ phần hoá và quản lý đất đai".
Đại diện UBND tỉnh Tuyên Quang cũng đề nghị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho tỉnh này được cổ phần hóa thí điểm một nông trường chè để lấy kinh nghiệm xử lý việc cổ phần hóa các nông trường khác trên địa bàn. Nhưng khó khăn lớn nhất của Tuyên Quang cũng như các địa phương hiện nay là không có đủ kinh phí để thực hiện việc đền bù đối với các diện tích đất có trồng cây công nghiệp và đất bị xâm lấn, tranh chấp của các nông lâm trường.
Trưởng ban Quản lý sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) Đoàn Đình Thiêm cho biết, trong thời gian tới Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ đề nghị Chính phủ hỗ trợ thêm phần kinh phí này.
Đặc biệt, Bộ đang có kế hoạch đề nghị bãi bỏ chính sách khai thác rừng theo chỉ tiêu, mà chuyển sang khai thác theo phương án điều chế rừng, nghĩa là các doanh nghiệp sẽ được tự chủ hơn trong việc khai thác rừng của mình trên các phương án điều chỉnh của Bộ, chứ Bộ không "trói" doanh nghiệp bằng các chỉ tiêu như trước đây.
Ông Đoàn Đình Thiêm nêu quyết tâm: "Chúng tôi đã yêu cầu các địa phương rà soát những diện tích đất đai còn chưa được bàn giao, kiên quyết đến hết quý 4/2007 sẽ hoàn thành "gọn" việc giao đất, khoán rừng đến từng đơn vị, cá nhân cụ thể".