Một trong những nguyên tắc quan trọng nhất của hai đạo luật này là mở rộng quyền tự do kinh doanh để doanh nghiệp có thể đầu tư và hoạt động trong tất cả các lĩnh vực mà pháp luật không cấm.
Tuy nhiên, bên cạnh những nỗ lực cải cách hệ thống giấy phép kinh doanh và điều kiện kinh doanh trong thời gian vừa qua, việc ban hành giấy phép kinh doanh mới và áp đặt các điều kiện kinh doanh lại có xu hướng trỗi dậy. Doanh nghiệp vẫn tiếp tục phàn nàn về tình trạng tồn tại rất nhiều giấy phép kinh doanh và điều kiện kinh doanh bất hợp lý và kèm theo là thủ tục cấp phép thiếu minh bạch, không rõ ràng.
Theo ông John Davis, chuyên gia luật, khi nghị định quản lý Nhà nước về giấy phép kinh doanh được ban hành sẽ góp phần đáng kể cải thiện tính minh bạch của quá trình ban hành và thực thi các quy định về giấy phép và điều kiện kinh doanh.
Về lâu dài, chính nghị định này sẽ giúp các cơ quan ban hành tiêu chuẩn hóa việc ban hành giấy phép kinh doanh và điều kiện kinh doanh, tránh tình trạng sử dụng tràn lan như hiện nay. Cộng đồng doanh nghiệp là đối tượng được hưởng lợi nhiều nhất vì một trong những nguyên tắc quan trọng nhất của nghị định là tăng cường tính minh bạch trong ban hành các quy định về giấy phép kinh doanh và điều kiện kinh doanh.
Hai luật mới này sẽ góp phần đơn giản hóa thủ tục đầu tư, tuy nhiên, căn cứ theo Nghị định 108, hầu hết các dự án đầu tư đều sẽ phải đăng ký với cơ quan có thẩm quyền. Hiện nay các nhà đầu tư vẫn chưa có được những thông tin cụ thể về việc quy trình đăng ký đầu tư sẽ được tiến hành như thế nào, họ tiếp tục e ngại đây lại có một trở ngại cho những dự án đầu tư mới.
Dư luận chung đòi hỏi cần có những hướng dẫn cụ thể và chi tiết hơn để đảm bảo thủ tục này được thực hiện minh bạch và công khai. Ông Lê Nết, thành viên cố vấn, Văn phòng Luật sư LCT Lawyers còn cho rằng nên vô hiệu hóa giấy chứng nhận đầu tư. Các nhà đầu tư nhiều khi lợi dụng hình thức này để thu lợi cho mình. Nhà đầu tư không có năng lực tài chính thực sự có thể vẽ lên một dự án đẹp rồi được cấp đất và mang dự án đấy đi bán.
Về phía Nhà nước, một mặt việc quy định thêm thủ tục đăng ký đầu tư sẽ tăng thêm gánh nặng công việc hành chính lên vai các cơ quan quản lý. Mặt khác, quy định phân cấp cấp phép đầu tư đặt ra đòi hỏi cấp thiết tăng cường năng lực cho các cơ quan quản lý đầu tư ở các cấp địa phương.
Trong khi đó, công tác hậu kiểm sau cấp phép đầu tư, đăng ký kinh doanh - vốn hết sức quan trọng thì lại chưa được chú ý đúng mức. Hiện các cơ quan quản lý nhà nước chỉ theo dõi hoạt động của các nhà đầu tư và doanh nghiệp chủ yếu thông qua hệ thống báo cáo định kỳ. Hiện ước tính trên thực tế chỉ khoảng 25% số doanh nghiệp đang hoạt động có báo cáo về hoạt động kinh doanh và cũng không có cơ chế cưỡng bức đối với doanh nghiệp không tuân thủ báo cáo.
Về Dự thảo Nghị định BOT, BTO và BT, ông Oliver Massmann, luật sư quốc tế, Công ty Luật Baker & McKenzie cho rằng ban soạn thảo nên tiếp tục hoàn thiện dự thảo Nghị định ở một số điểm. Nghị định nên quy định rõ nhà nước có thể sử dụng những loại hình thức nào để bảo lãnh nghĩa vụ thực hiện hợp đồng - đây là một cấu phần quan trọng trong nghiên cứu khả thi của một dự án BOT; hay nên cho phép một số trường hợp nhà đầu tư và các cơ quan nhà nước có thể đàm phán một mức vốn sở hữu tối thiểu thấp hơn so với mức 20% và 30% tương ứng như trong Nghị định hiện nay.
Ông Lê Nết nói thêm rằng hầu hết các công ty BOT hiện nay rất quan tâm đến quyền được khai thác dịch vụ gia tăng - đây là vấn đề chưa được đề cập trong dự thảo nghị định BOT. Thay vì không chấp nhận các dịch vụ gia tăng này, Chính phủ có thể đàm phán để tìm mô hình cùng các nhà đầu tư khai thác các dịch vụ gia tăng đó. Hiện nay các cơ quan chức năng xem xét và duyệt từng dự án cụ thể; hậu quả là các nhà đầu tư phải xin phép nhiều cấp, nhiều tầng, rất mất thời gian và chi phí giao dịch. Cần phân quyền cấp phép các dự án BOT xuống địa phương, tùy theo tính chất và quy mô của từng dự án để tiết kiệm thời gian và chi phí cấp phép cho nhà đầu tư.
Để tham gia vào sân chơi chung với các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài và doanh nghiệp tư nhân, các doanh nghiệp Nhà nước sẽ phải hoặc cổ phần hóa hoặc chuyển sang công ty TNHH một thành viên. Cho dù doanh nghiệp Nhà nước chuyển đổi sang hình thức nào đi chăng nữa mà không có những quy định rõ ràng về cơ quan hành chính chủ quản (không tách biệt được chức năng chủ sở hữu với chức năng quản lý hành chính nhà nước), vẫn không được tự chủ trong việc phát triển kinh doanh và quản lý nhân sự (không được tự chủ trong việc sử dụng vốn để đạt mục tiêu chiến lược) thì sẽ chỉ là "bình mới rượu cũ". Doanh nghiệp sẽ không thay đổi được động cơ cũng như hiệu quả hoạt động.
Ông Oliver Massmann cho rằng lợi thế của các doanh nghiệp Nhà nước bắt nguồn từ thực tế hoạt động chứ không phải từ khung pháp lý. Doanh nghiệp Nhà nước có thể tiếp cận dễ dàng với các cơ quan Nhà nước, có thể đẩy nhanh quá trình thực hiện các thủ tục cấp phép, dễ dàng vay vốn và đặc biệt có lợi thế trong đàm phán vì phần lớn họ đang độc quyền kinh doanh trong lĩnh vực đó.
Do vậy, tác động của Nghị định chuyển đổi doanh nghiệp Nhà nước thành công ty TNHH một thành viên để có một sân chơi chung với các thành phần kinh tế khác vẫn còn là dấu hỏi. Nếu như hoạt động của các công ty TNHH một thành viên này được điều chỉnh bởi Luật Doanh nghiệp 2005 nhưng họ vẫn có mối liên hệ trực tiếp với các cơ quan nhà nước (các bộ) thì rõ ràng họ sẽ vẫn được hưởng những lợi thế nói trên.