Theo Công văn số 1326/BTC-CSST Bộ Tài chính có ý kiến như sau:
Về đối tượng áp dụng
DNNVV được giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 03/2009/TT-BTC bao gồm cả các tổ chức: hợp tác xã, quỹ tín dụng nhân dân; đơn vị trực thuộc của DN nhưng hạch toán độc lập; đơn vị thành viên hạch toán độc lập có tư cách pháp nhân của tập đoàn kinh tế, TCty nếu đáp ứng đủ điều kiện quy định tại Thông tư số 03/2009/TT-BTC.
Tiêu chí hướng dẫn tại Mục I Thông tư số 03/2009/TT-BTC được xác định cho trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc của DN nhưng hạch toán phụ thuộc, khai nộp thuế TNDN tập trung tại trụ sở chính như nhà máy, phân xưởng, cửa hàng, văn phòng,... nếu có.
Về thu nhập làm căn cứ tính thuế TNDN được giảm
Điểm a khoản 1 Mục III Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP quy định “Giảm 30% số thuế thu nhập DN phải nộp của quý IV năm 2008 và số thuế thu nhập DN phải nộp của năm 2009 đối với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của các DNNVV”. Căn cứ quy định trên, khoản 1 Mục II Thông tư số 03/2008/NQ-CP quy định “DNNVV được giảm 30% số thuế thu nhập DN phải nộp của quý IV năm 2008 và số thuế thu nhập DN phải nộp của năm 2009”, bao gồm số thuế TNDN phải nộp tính trên tổng thu nhập từ các hoạt động của DNNVV, kể cả thu nhập chuyển quyền sử dụng đất, thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản và thu nhập khác.
Về thời hiệu thi hành:
Thông tư số 03/2009/TT-BTC hướng dẫn điều kiện, quy trình, thủ tục để thực hiện chính sách giảm, gia hạn nộp thuế thu nhập DN theo Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ. Các DNNVV đáp ứng điều kiện hướng dẫn tại Thông tư số 03/2008/TT-BTC được giảm 30% số thuế thu nhập DN phải nộp của quý IV năm 2008 theo đúng Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP.