Mục tiêu của chương trình đến cuối năm 2010, đảm bảo 85% dân số nông thôn được sử dụng nước sinh hoạt hợp vệ sinh, trong đó 50% sử dụng nước sạch đạt tiêu chuẩn 09/2005/QĐ-BYT ngày 11/3/2005 của Bộ Y tế với số lượng 60 lít nước/người/ngày; 70% số hộ gia đình ở nông thôn có nhà tiêu hợp vệ sinh; 70% số hộ nông dân chăn nuôi có chuồng trại hợp vệ sinh; các nhà trẻ, trường học, trạm xá, chợ, trụ sở xã và các công trình công cộng khác ở nông thôn có đủ nước sạch và nhà tiêu hợp vệ sinh; giảm thiểu ô nhiễm môi trường ở các làng nghề, đặc biệt là các làng nghề chế biến lương thực, thực phẩm.

Dự toán tổng mức vốn đầu tư cho chương trình khoảng 22.600 tỷ đồng, trong đó ngân sách trung ương 3.200 tỷ; ngân sách địa phương 2.300 tỷ; viện trợ quốc tế 3.400 tỷ; vốn do dân đóng góp 8.100 tỷ; vốn tín dụng ưu đãi 5.600 tỷ.

Để chỉ đạo triển khai thực hiện chương trình, Thủ tuớng giao Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp-PTNT quyết định thành lập Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn và quy định quy chế hoạt động của Ban. Các Bộ: Kế hoạch Đầu tư, Tài chính, Tài nguyên và Môi truờng, Khoa học và Công nghệ, Y tế và các cơ quan liên quan cử cán bộ tham gia Ban Chủ nhiệm Chương trình.