Tại miền bắc đầu vụ rét đậm, khô hạn ở đồng bằng sông Hồng, một số diện tích trồng lúa đông xuân phải chuyển sang trồng màu. Ở miền nam, bước vào vụ lúa hè thu, đầu vụ nắng hạn, giữa vụ mưa lũ lớn, nhất là đồng bằng sông Cửu Long làm một số diện tích phải gieo trồng lại, cho nên năng suất thấp, chưa kể rầy nâu, bệnh vàng lùn và lùn xoắn lá lan rộng trên 100 nghìn ha lúa. Dịch lở mồm long móng ở gia súc xảy ra trên diện rộng. Thêm vào đó, mười cơn bão tràn vào nước ta, trong đó ba cơn bão số 1, số 6 và số 9 gây thiệt hại lớn về lúa, màu ở miền trung, Tây Nguyên và Nam Bộ. Giá xăng, dầu, phân bón, thuốc trừ sâu tăng mạnh. Dưới sự chỉ đạo điều hành sát sao của Chính phủ, các cấp, các ngành và sự nỗ lực của bà con nông dân, cho nên kết quả sản xuất nông, lâm nghiệp cả nước năm 2006 vẫn đạt cao hơn so với năm 2005.

Vượt qua khó khăn, sản xuất nông nghiệp vẫn tiếp tục tăng trưởng khá so với năm 2005. Giá trị sản xuất nông nghiệp năm 2006 ước tăng 3,1%, trong đó trồng trọt tăng 1,9%, chăn nuôi tăng 7,7% và dịch vụ tăng 2,7%.

Sản xuất lương thực vẫn tiếp tục phát triển và tăng nhẹ so với năm 2005. Dù bị thiên tai, sâu bệnh phá hoại nặng nề nhưng sản xuất lương thực vẫn phát triển và đạt kết quả khá, nhất là lúa. Sản xuất lúa chuyển dần theo hướng ổn định và giảm dần diện tích, đồng thời chuyển đổi cơ cấu mùa vụ, tăng diện tích lúa đông xuân, giảm diện tích lúa mùa năng suất không ổn định, tăng cường đầu tư thâm canh tăng năng suất và tăng sản lượng, đa dạng hóa sản phẩm để đáp ứng nhu cầu thị trường trong nước và xuất khẩu gạo.

 Diện tích lúa cả năm 2006 đạt 7,32 triệu ha, giảm 6,4 nghìn ha, năng suất ước đạt 48,94 tạ/ha, tăng 0,05% và sản lượng ước đạt 35,834 triệu tấn, tăng 0,7 nghìn tấn so với năm 2005, trong đó, diện tích gieo cấy lúa đông xuân đạt 2.988,6 nghìn ha, tăng 46,5 nghìn ha, chủ yếu do một số tỉnh đồng bằng sông Cửu Long chuyển 21,6 nghìn ha trồng màu và nuôi thủy sản không hiệu quả sang trồng lúa. Các tỉnh Ðông Nam Bộ và Tây Nguyên cũng tăng diện tích lúa do đủ nước nên cấy hết diện tích, tăng khá so năm 2005; Ðông Nam Bộ tăng 21,7 nghìn ha và Tây Nguyên 10,5 nghìn ha. Sản lượng lúa đông xuân đạt 17,52 triệu tấn, tăng 187,2 nghìn tấn chủ yếu do diện tích lúa tăng 1,6%.

 Diện tích lúa hè thu đạt 2.322,3 nghìn ha, giảm 27 nghìn ha so với vụ hè thu năm 2005. Năng suất lúa hè thu đạt 41,8 tạ/ha, giảm 2,6%. Sản lượng lúa hè thu ước đạt 9,72 triệu tấn, giảm 6,9% (717,7 nghìn tấn) so với năm 2005. Diện tích lúa mùa cả nước đạt 2.011 nghìn ha, giảm 26 nghìn ha so với năm 2005, trong đó miền bắc gieo cấy 1.205 nghìn ha, giảm 11,6 nghìn ha chủ yếu do đồng bằng sông Hồng chuyển sang đất chuyên dùng và nuôi thủy sản (giảm 8,2 nghìn ha). Sản lượng lương thực có hạt năm 2006 đạt 39,65 triệu tấn, trong đó có 35,83 triệu tấn thóc và 3,81 triệu tấn ngô.

 Diện tích cây chất bột có củ đạt 680,3 nghìn ha, tăng 27,9 nghìn ha; trong đó, diện tích cây sắn đạt 460 nghìn ha, tăng 8,1% so năm 2005. Diện tích cây công nghiệp hằng năm giảm nhẹ do thời tiết không thuận lợi trong vụ đông miền bắc. Diện tích đỗ tương đạt 187,3 nghìn ha, giảm 8,2%; lạc đạt 244,1 nghìn ha, giảm 9,5%; vừng đạt 44,5 nghìn ha, giảm 15,7%; bông đạt 24,3 nghìn ha, giảm 5,8%; riêng cây mía người dân khôi phục lại do giá cả thu mua tương đối cao, diện tích đạt 285,8 nghìn ha, tăng 7,3%. Diện tích cây rau đậu các loại đạt 837,8 nghìn ha, bằng 100,7%.

Giá thu mua cao-su, cà-phê, chè, hồ tiêu tăng cao đã kích thích người dân mở rộng sản xuất. Tổng diện tích gieo trồng cây lâu năm đạt 2.490,4 nghìn ha, tăng 22,2 nghìn ha so 2005. Diện tích cây công nghiệp lâu năm 1.652 nghìn ha tăng 18,4 nghìn ha.

Chăn nuôi từng bước hồi phục sau cúm gia cầm. Tại thời điểm ngày 1-8-2006, đàn trâu đạt 2,921 triệu con, giảm 1.104 con và bằng 99,96% so với cùng kỳ năm trước; trong đó trâu cày kéo 1,804 triệu con, giảm  43.114 con và bằng 97,7% do nông dân thay sức kéo bằng máy cày. Ðàn bò đạt 6,511 triệu con, tăng 970 nghìn con và bằng 117,5%, chủ yếu tăng đàn bò thịt và các tỉnh tăng cao là: Sơn La, Bắc Giang, Hà Tây, Phú Thọ,... Hiện nay, mô hình phát triển đàn bò sữa ở nhiều tỉnh không hiệu quả cho nên hơn 50% số tỉnh, thành phố có đàn bò sữa giảm so với năm 2005, đặc biệt một số tỉnh giảm hơn 50% như Phú Yên, Bình Ðịnh, Tây Ninh, Trà Vinh, Tuyên Quang... Nguyên nhân do người dân còn thiếu kinh nghiệm, chưa được tập huấn nhiều về kỹ thuật chăm sóc bò sữa, thu mua sữa chế biến còn hạn chế, giá cả thu mua sữa chưa hợp lý. Ðàn bò sữa cả nước vẫn đạt 113,2 nghìn con, tăng 8,7% so với năm 2005, chủ yếu do tăng mạnh ở TP Hồ Chí Minh (là tỉnh chiếm 60% tổng đàn bò sữa của cả nước). Ðàn lợn đạt 26,9 triệu con, tăng 3% so cùng kỳ 2005; trong đó đàn nái 4,338 triệu con tăng 11,7%, chiếm 16,1% tổng đàn. Ðàn gia cầm đạt 214,564 triệu con bằng 97,6% so cùng kỳ 2005 do người dân vẫn còn lo ngại dịch cúm gia cầm quay trở lại và bùng phát nên chưa đầu tư để khôi phục đàn; trong đó đàn gà đạt 151,98 triệu con, bằng 95%.

Bên cạnh những khởi sắc, trong nông nghiệp năm 2006 đã xuất hiện một số vấn đề nổi cộm rất đáng quan tâm.

Năng suất và sản lượng lúa đông xuân, hè thu, nhất là thu đông ở vùng đồng bằng sông Cửu Long đều giảm sút là dấu hiệu đáng lo ngại không chỉ cho năm nay mà còn cả triển vọng những năm tới. Sâu đục thân, bệnh vàng lùn, lùn xoắn lá lây lan trên diện rộng và chưa có dấu hiệu giảm đang là nguy cơ đối với sản xuất lúa của vùng, tác động trực tiếp đến an ninh lương thực cả nước và xuất khẩu gạo. Vùng đồng bằng sông Cửu Long đã và đang phải nhập gạo từ miền bắc, miền trung và từ Cam-pu-chia với số lượng khá lớn. Kế hoạch xuất khẩu gạo đã phải tạm dừng từ tháng 11-2006. Giá lương thực tăng cao, liên tục trong cả năm và đứng ở mức cao nhất từ 30 năm gần đây và chưa có dấu hiệu dừng lại. Tình hình này, trước mắt có lợi cho nông dân trồng lúa, nhưng về lâu dài sẽ tác động tiêu cực, trực tiếp đến hoạt động xuất khẩu gạo của các doanh nghiệp cũng như giảm sức cạnh tranh của mặt hàng này trên thị trường.

Ðối với các tỉnh phía bắc, sản xuất vụ đông giảm mạnh trong khi tiềm năng vẫn còn nhiều. Vụ lúa mùa năm 2005 ở các tỉnh phía bắc thất bát nặng do bão lũ, nhiều tỉnh chủ trương lấy vụ đông bù vụ mùa, nhưng kết quả sản xuất vụ đông 2006 lại giảm sút cả về diện tích và sản lượng các loại cây trồng. Chủ trương đưa vụ đông thành vụ sản xuất chính trong năm để khai thác tiềm năng đất đai, khí hậu và sức lao động ở miền bắc đã không thành hiện thực. Ðây cũng là vấn đề đặt ra đối với ngành nông nghiệp nhiều năm nay và cả năm 2006 nhưng chưa được giải quyết bằng các giải pháp có tính khả thi cao.

Sản xuất rau màu, cây công nghiệp, cây ăn quả tuy có tiến bộ nhưng chưa đều và chưa vững chắc. Một số cây công nghiệp hằng năm như lạc, đỗ tương, mía vẫn tăng giảm không đều giữa các vùng. Năm 2006, giá mía tăng cao nhưng sản lượng mía tăng chậm, cho nên nhiều nhà máy vẫn thiếu nguyên liệu. Sản xuất cây ăn quả vẫn trong tình trạng phân tán, quy mô nhỏ, thiếu quy hoạch và đầu tư, nên chất lượng sản phẩm thấp sức cạnh tranh không cao. Tình trạng giá trái cây vùng đồng bằng sông Cửu Long giảm mạnh trong những tháng cuối năm đã chứng minh thực tế đó.

 Trong chăn nuôi, tốc độ khôi phục các đàn gia súc, gia cầm còn chậm do nguy cơ tái dịch vẫn còn lớn, nếu không có các giải pháp tiêm phòng tích cực, thường xuyên trong mùa đông và đầu mùa xuân 2007.

 Dịch lở mồm, long móng ở gia súc tuy có giảm về số địa bàn bị dịch nhưng chưa có khả năng khống chế trên phạm vi cả nước. Ðến giữa tháng 12 cả nước vẫn còn 27 xã, 15 huyện thuộc năm tỉnh còn dịch với 1.536 con trâu bò và 94 con lợn. Tình trạng giấu dịch vẫn còn tồn tại ở nhiều hộ chăn nuôi, trang trại và doanh nghiệp kinh doanh, giết mổ, vận chuyển gia súc và sản phẩm với nhiều hình thức và phạm vi khác nhau. Trong khi, công tác tiêm phòng, dập dịch tại các địa bàn có dịch, quản lý thị trường thịt gia súc vẫn còn nhiều hạn chế, bất cập.

 Vấn đề chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi năm 2006 vẫn trong tình trạng tự phát, manh mún, không theo quy hoạch. Ðáng lo ngại là đã có xu hướng chuyển đổi ngược chiều từ ruộng nuôi tôm, cá không hiệu quả sang cấy lúa, diện tích lúa đông xuân 2006 vùng đồng bằng sông Cửu Long tăng hơn 21 nghìn ha, nhưng năng suất giảm. Trong chăn nuôi cũng diễn ra tình hình tương tự giữa gia súc lai và gia súc truyền thống, nhưng chưa có giải pháp tích cực, có hiệu quả. Thực tế là đàn gia cầm chưa đạt mức năm 2005, đàn lợn tăng chậm, chất lượng sản phẩm chăn nuôi chưa cao.

Bão số 6 và bão số 9 đã gây thiệt hại nặng cho hàng trăm công trình thủy lợi và hàng nghìn ha rau màu, cây công nghiệp, cây ăn trái lâu năm ở các tỉnh miền trung và Nam Bộ, (riêng Bến Tre có hơn 1.500 ha cây ăn trái lâu năm có giá trị kinh tế lớn như sầu riêng, măng cụt bị gãy, đổ phải hàng chục năm sau mới phục hồi). Hậu quả bão lũ để lại rất nặng nề, bệnh rầy nâu vàng lùn, lùn xoắn lá vẫn là nguy cơ đe dọa vựa lúa đồng bằng sông Cửu Long, nhiều thách thức đặt ra cho sản xuất nông nghiệp năm 2007 và các năm tiếp theo là rất lớn, trước mắt là vụ lúa đông xuân ở các tỉnh phía nam.