Hội nghị Trung ương 4 lần này Ban Chấp hành Trung ương sẽ bàn các vấn đề về phương hướng chuẩn bị bầu cử Quốc hội khóa XII; tiếp tục sắp xếp, kiện toàn bộ máy tổ chức các ban đảng và cơ quan nhà nước; về một số chủ trương, chính sách lớn phát triển kinh tế sau khi nước ta trở thành thành viên của Tổ chức Thương mại thế giới (WTO) và về Chiến lược biển.
Cũng tại Hội nghị này, Bộ Chính trị sẽ báo cáo Ban Chấp hành Trung ương về sự lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư từ sau Đại hội X đến hết năm 2006; về kết quả những công việc quan trọng Bộ Chính trị đã giải quyết từ sau Hội nghị Trung ương 3 đến Hội nghị Trung ương 4; kết quả công tác kiểm tra, giám sát từ sau Đại hội X đến cuối năm 2006 và về công tác tài chính của Đảng năm 2006.
Về phương hướng chuẩn bị bầu cử quốc hội khoá XII, Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh nêu rõ: Việc tổng kết nhiệm kỳ của Quốc hội khóa XI và chuẩn bị cho cuộc bầu cử Quốc hội khóa XII có ý nghĩa hết sức to lớn. Do vậy cần tiếp tục đổi mới tổ chức và hoạt động của Quốc hội; hoàn thiện cơ chế bầu cử nhằm nâng cao chất lượng đại biểu Quốc hội; tăng hợp lý số lượng đại biểu Quốc hội chuyên trách, phát huy tốt hơn vai trò đại biểu và đoàn đại biểu Quốc hội. Do vậy, việc xác định phương hướng chuẩn bị nhân sự và lãnh đạo bầu cử theo đúng các quy định của pháp luật để bầu được những đại biểu Quốc hội thực sự đại diện cho ý chí, nguyện vọng của nhân dân, có phẩm chất và năng lực tương xứng với yêu cầu, nhiệm vụ trong giai đoạn mới, là một vấn đề hết sức quan trọng, góp phần xây dựng và hoàn thiện nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa của dân, do dân và vì dân.
Về sắp xếp, kiện toàn bộ máy, tổ chức các ban đảng và các cơ quan nhà nước, Tổng Bí thư cũng chỉ rõ, Nghị quyết Đại hội X đã đề ra yêu cầu sắp xếp, đổi mới tổ chức, bộ máy của Đảng, đặc biệt là các ban đảng, ban cán sự đảng, đảng ủy khối ở Trung ương và các địa phương gắn với kiện toàn tổ chức, bộ máy của cơ quan nhà nước, Mặt trận và các đoàn thể nhân dân, bảo đảm vừa tăng cường sự lãnh đạo của Đảng, vừa phát huy vai trò trách nhiệm của các cơ quan nhà nước, Mặt trận và các đoàn thể nhân dân. Khắc phục tình trạng chồng chéo, trùng lặp chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của tổ chức và cá nhân không rõ.
Về những thời cơ và thách thức đặt ra khi đất nước ta gia nhập Tổ chức Thương mại thế giới (WTO), Tổng Bí thư nhấn mạnh: Tận dụng tốt cơ hội sẽ tạo ra thế và lực mới để phát triển. Thách thức dù là sức ép rất lớn nhưng tác động đến mức nào còn tùy thuộc vào bản lĩnh và sự nỗ lực chủ quan của chúng ta. Nếu chúng ta có quyết tâm cao, có sự chuẩn bị tích cực bằng những chủ trương chính sách đúng đắn, biện pháp hiệu quả và sự vươn lên nhanh chóng thì không những vượt qua được thách thức mà còn có thể biến chính các thách thức đó thành động lực cho sự phát triển. Để tận dụng được cơ hội và vượt qua thách thức, hội nhập kinh tế thắng lợi, chúng ta phải xây dựng cho được những chủ trương, chính sách đúng đắn, phù hợp, bảo đảm đưa nền kinh tế nước ta phát triển nhanh, bền vững, giữ vững độc lập chủ quyền và định hướng xã hội chủ nghĩa.
Về chiến lược phát triển kinh tế biển và hải đảo, Tổng Bí thư cũng yêu cầu Hội nghị lần này thảo luận toàn diện về vị trí, vai trò của biển, cả về kinh tế, xã hội, an ninh, quốc phòng, đối ngoại để xây dựng "Chiến lược biển đến năm 2020" và tầm nhìn xa hơn, là một bước cụ thể hóa Nghị quyết Đại hội X của Đảng, nhằm khai thác tối đa tiềm năng và lợi thế của biển, vùng ven biển và hải đảo, đồng thời bảo đảm quốc phòng, an ninh, góp phần tạo thêm thế và lực mới để phát triển kinh tế - xã hội, làm chủ vùng biển của Tổ quốc, bảo vệ toàn vẹn chủ quyền quốc gia, góp phần đẩy nhanh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.