Tuy nhiên, sản lượng sắn hàng năm cũng rất lớn, theo số liệu của Bộ NN&PTNT, sản lượng sắn trong hai năm gần đây đều đạt gần 10 triệu tấn (năm 2011 đạt 9,90 triệu tấn, năm 2012 đạt 9,75 triệu tấn). Do vậy nếu hạn chế xuất khẩu, các doanh nghiệp sản xuất nhiên liệu sinh học cũng không thể tiêu thụ hết nguyên liệu sắn trong nước.
Bộ Công thương, Bộ Tài chính Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang kiến nghị Chính phủ xem xét xây dựng lộ trình áp thuế cho sản phẩm sắn. Vì với lượng sắn lớn như vậy, nếu hạn chế xuất khẩu đầu ra của người trồng sắn không được bảo đảm. Thời điểm thực hiện và lộ trình sẽ do Bộ Công thương, Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xem xét, quyết định.