Nguyên nhân do nhiều địa phương buông lỏng công tác phòng chống dịch, tiêm phòng vác xin không đạt yêu cầu, không quản lý được việc ấp nở, chăn nuôi thủy cầm theo quy định... Virus cúm gia cầm vẫn đang tồn tại rộng rãi trong môi trường, nhất là thủy cầm chưa được tiêm phòng, vì vậy dịch có thể bùng phát bất cứ lúc nào. Chăn nuôi thủy cầm là nghề truyền thống và là kế sinh nhai của một bộ phận lớn nông dân các tỉnh Nam Bộ, đặc biệt là chăn nuôi vịt ở các tỉnh ĐBSCL. Chăn nuôi thủy cầm tận dụng điều kiện tự nhiên (ao, hồ, kênh rạch...), chi phí đầu tư thấp và lợi nhuận cao, nhất là chăn nuôi thả đồng. Chăn nuôi thủy cầm góp phần cân bằng sinh thái, giảm thiểu sự phát triển sâu bệnh. Tuy nhiên, chăn nuôi thủy cầm, nhất là vịt chạy đồng không kiểm soát là nguy cơ lây lan mầm bệnh ra môi trường.
Sau Quyết định 17/2007/QĐ-BNN về điều kiện ấp trứng và chăn nuôi thuỷ cầm tại các tỉnh, thành Nam Bộ, tình hình chăn nuôi vịt ở các tỉnh ĐBSCL tăng nhanh về đầu con và số hộ nuôi, nhưng ở vùng Đông Nam Bộ thì ngược lại. Tổng đàn thủy cầm ở các tỉnh Nam Bộ là trên 26 triệu con, tăng 11% so với năm 2006 (thời điểm 1/8/2006), trong đó vùng ĐBSCL là trên 24 triệu con, tăng 13%. Vùng ĐNB có trên 1,9 triệu con, giảm 12%. Đến nay, Nam Bộ có 1.116 cơ sở ấp nở thuỷ cầm. Những địa phương có nhiều cơ sở ấp trứng như An Giang, Long An, Đồng Tháp...
Các tỉnh đã thành lập tổ kiểm tra, thẩm định cơ sở ấp trứng và chăn nuôi vịt giống, hướng dẫn thủ tục đăng ký chăn nuôi, ấp nở cho các hộ chăn nuôi. Tuy nhiên, kết quả thẩm định cho thấy, có đến 747 cơ sở ấp trứng (chiếm 67%) không đảm bảo điều kiện. Thế nhưng, việc xử lý đối với những cơ sở này gặp khó khăn do thiếu mặt bằng, thiếu kinh phí hỗ trợ di dời, thiếu chế tài xử phạt và chính quyền địa phương chưa kiên quyết trong xử lý.
Còn việc cấp sổ quản lý đàn vịt chạy đồng, đã có 14/21 tỉnh đã in sổ và phát miễn phí cho dân, còn 7/21 tỉnh chưa in sổ, chủ yếu tập trung ở những địa phương có đàn vịt chạy đồng ít, chưa đến mùa vụ thu hoạch lúa. Tuy nhiên, ở một số địa phương, việc ghi sổ còn thiếu thông tin, hoặc thông tin chưa chính xác, một số chính quyền chưa quan tâm phối hợp với thú y để quản lý vịt chạy đồng...
Các địa phương đều đồng tình rằng, việc ban hành Quyết định số 17 là phù hợp với nguyện vọng người dân. Người chăn nuôi bước đầu nhận thức về việc ấp nở và chăn nuôi thủy cầm kèm theo các điều kiện phòng chống dịch bệnh có hiệu quả.
Ngoài những phương thức chăn nuôi truyền thống, thời gian qua, một số địa phương như Long An, An Giang... đã xuất hiện phương thức nuôi vịt tập trung trong ao, hồ có kiểm soát do dân tự đầu tư hoặc được hỗ trợ của một số doanh nghiệp. Mô hình này kiểm soát được dịch bệnh, hạn chế rủi ro và không lệ thuộc vào mùa vụ. So với cách nuôi vịt chạy đồng, loại hình này cho hiệu quả thấp hơn.
Tuy vậy, tính đến thời điểm hiện nay vẫn có lãi. Với quy mô 1.000 vịt đẻ trứng, mỗi tháng lãi 3-4 triệu đồng (nuôi vịt chạy đồng lãi 6-7 triệu đồng/tháng). Ngoài ra, còn nguồn thu từ cá trong ao, hồ. Riêng An Giang có hẳn dự án xây dựng mô hình chăn nuôi theo hướng an toàn sinh học và đã có 68 hộ đăng ký tham gia với sự hỗ trợ của tỉnh. Thực tế cho thấy, địa phương nào thực hiện tốt quyết định này thì công tác phòng chống dịch cúm gia cầm có hiệu quả.
Tuy nhiên, việc triển khai quyết định này còn nhiều hạn chế như thiếu đồng bộ giữa các địa phương, chưa phối hợp tốt giữa chính quyền cấp huyện, xã và thú y. Các địa phương còn lúng túng trong xử lý các trường hợp chăn nuôi nhỏ lẻ, cơ sở ấp không đủ điều kiện, vịt con và trứng ấp không rõ nguồn gốc...
Theo Cục thú y, từ tháng 5/2007 đến nay đã phát hiện các ổ dịch gia cầm từ 18 tỉnh, thành phố, chủ yếu trên đàn gia cầm dưới 2 tháng tuổi, chưa được tiêm phòng vác xin cúm gia cầm. Diễn biến đợt dịch cúm gia cầm hiện nay là hết sức phức tạp, xảy ra vào mùa hè, không phải vào mùa phát dịch cúm theo quy luật như những năm trước. Các tỉnh nên chủ động ngăn ngừa dịch cúm gia cầm tái phát. Từ nay đến tháng 10 thì nguy cơ xảy ra dịch cúm ở miền Nam cao hơn miền Bắc.
Cục Thú y nhận định, sắp tới, khi các tỉnh Nam Bộ vào vụ thu hoạch lúa hè thu, đàn thủy cầm sẽ được ấp nở tăng thêm và chạy đồng nhiều. Các địa phương đặt ra nhiều vấn đề: nổi bật là cần nghiên cứu vác xin tiêm phòng 1 ngày tuổi, vì thực tế hiện nay cho thấy, các địa phương rất khó quản lý gia cầm cho đến 14 ngày tuổi. Có địa phương kiến nghị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cần có chính sách cụ thể cho những đối tượng chăn nuôi thuỷ cầm theo mô hình an toàn sinh học. Nhiều địa phương đồng tình cần có sự đồng bộ thực hiện Quyết định 17 và có chế tài cụ thể...
Thứ trưởng Bùi Bá Bổng đề nghị các địa phương tập huấn cho người dân hiểu rõ hơn nữa về quy định chăn nuôi thuỷ cầm theo Quyết định 17, rà soát lại các lò ấp với tinh thần không duy trì lò ấp nở không đủ điều kiện, quản lý việc sản xuất con giống, tiêm phòng...