Chương trình này nhằm xây dựng và nâng cao năng lực hệ thống quản lý VSATTP, bảo đảm về VSATTP phù hợp với các tiêu chuẩn tiên tiến của khu vực và thế giới; góp phần bảo vệ sức khỏe và quyền lợi người tiêu dùng thực phẩm; đáp ứng yêu cầu phát triển và hội nhập kinh tế quốc tế.
Chương trình đặt ra mục tiêu cụ thể đến năm 2010, 80% tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về VSATTP phù hợp với tiêu chuẩn thế giới; từng bước áp dụng hệ thống quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm theo hệ thống phân tích mối nguy và kiểm soát điểm tới hạn (HACCP)...