Nhằm giúp ngư dân và doanh nghiệp chủ động trong khai thác, chế biến thủy sản xuất khẩu phù hợp quy định của EU, ngày 4-12-2009, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Bộ NN và PTNT) đã có Quyết định số 3477/BNN-KTBVNL, ban hành Quy chế chứng nhận thủy sản khai thác xuất khẩu vào thị trường châu Âu. Quy định chi tiết trình tự, thủ tục, nội dung kiểm tra; trách nhiệm, quyền hạn của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc chứng nhận thủy sản khai thác, xác nhận cam kết sản phẩm thủy sản xuất khẩu vào thị trường châu Âu có nguồn gốc rõ ràng. Theo quy chế này, chủ hàng xuất khẩu gửi giấy chứng nhận thủy sản khai thác đã được kê khai đầy đủ thông tin đến cơ quan có thẩm quyền để chứng nhận. Việc kê khai và cấp giấy chứng nhận sản phẩm sẽ được thực hiện tại Chi cục khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản ở các địa phương. Cùng với việc ban hành Quyết định 3477, Bộ NN và PTNT cũng yêu cầu các địa phương phải có quy định chặt chẽ hơn đối với trách nhiệm của thuyền trưởng, của doanh nghiệp khi đánh bắt, thu mua sản phẩm; tổ chức hướng dẫn, tập huấn cho doanh nghiệp và ngư dân về việc thực hiện quy định này.

Từ nay đến năm 2010 thời gian không còn nhiều, nếu không muốn nói là quá ngắn để ngư dân và doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản đáp ứng các quy định mới của EU, bởi thực trạng nghề đánh bắt thủy sản của chúng ta quy mô vẫn nhỏ, nên khó quản lý giám sát để xác định nguồn gốc, xuất xứ sản phẩm đánh bắt. Cả nước hiện có hơn 130 nghìn tàu, thuyền, nhưng chủ yếu là tàu công suất nhỏ, đánh bắt gần bờ, sản lượng thấp. Ngư dân thường có thói quen khai thác thủy sản ở những ngư trường không cố định và buôn bán, vận chuyển sản phẩm đánh bắt được theo kiểu "mạnh ai nấy làm". Khai thác được gì bán nấy, có bao nhiêu bán bấy nhiêu. Nhiều tàu đánh bắt xa bờ thường bán hải sản ngay trên biển cho các tàu dịch vụ chứ không cần về bến. Còn các doanh nghiệp chủ yếu thu mua nguyên liệu đầu vào cho chế biến xuất khẩu thủy sản qua hệ thống trung gian, như chủ vựa, thương lái tại cảng cá, không trực tiếp thu mua của ngư dân. Một số doanh nghiệp còn nhập khẩu nguyên liệu từ nước ngoài về gia công rồi tái xuất... Vì vậy việc xác nhận nguồn gốc từng con cá, con tôm để khai báo là rất khó khăn.

Tuy nhiên, EU là thị trường nhập khẩu thủy sản lớn nhất của Việt Nam, chiếm một phần ba tổng kim ngạch hằng năm. Do đó mặc dù quy định mới của EU sẽ ảnh hưởng lớn đến hoạt động sản xuất kinh doanh của nhiều doanh nghiệp xuất khẩu, cùng hàng loạt ngư dân và số đông lao động "ăn theo" nghề khai thác, chế biến thủy sản. Nhưng nếu không muốn mất thị trường quan trọng này thì không còn cách nào khác buộc chúng ta phải "chấp nhận cuộc chơi". Trước mắt là đẩy mạnh tuyên truyền cho ngư dân và các doanh nghiệp chế biến thủy sản xuất khẩu biết và thực hiện những quy định của EU và Quyết định 3477 của Bộ NN và PTNT; bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ cho đội ngũ cán bộ thủy sản ở các địa phương, bảo đảm kê khai và cấp giấy chứng nhận sản phẩm nhanh chóng, chính xác, kịp thời. Cần hỗ trợ đầu tư kinh phí, kỹ thuật để hoàn thiện hệ thống cảng cá, bến cá, cơ sở chế biến cho ngành thủy sản, nhất là các trung tâm dịch vụ hậu cần nghề cá tại các địa phương... nhằm đáp ứng những quy định hết sức khắt khe về an toàn vệ sinh thực phẩm không chỉ đối với thị trường EU, mà tương lai là cả các nước khác trên thế giới. Xóa dần thói quen khai thác chế biến thủy sản một cách manh mún, nhỏ lẻ kém hiệu quả vốn tồn tại nhiều đời nay.