Tại Hội nghị, một trong những vấn đề các đại biểu đặc biệt quan tâm đó là bên cạnh sự quản lý yếu kém của một bộ phận cán bộ tài nguyên - môi trường, chính sách quản lý đất đai, tài nguyên, môi trường của Nhà nước ở một số khía cạnh còn chưa phù hợp với thực tiễn đời sống, từ đó nảy sinh nhiều khiếu kiện, bức xúc trong nhân dân. Nhiều đại biểu cho rằng, cùng với sự tăng trưởng về kinh tế, việc xuất hiện ngày càng nhiều các khu công  nghiệp, sự gia tăng dân số… đang khiến cho mức độ ô nhiễm, sự suy thoái và suy giảm chất lượng môi trường đang ở trong tình trạng rất đáng báo động. Trong khi đó, tài nguyên, khoáng sản hiện nay vẫn còn bị sử dụng một cách lãng phí; tổ chức bộ máy nhân sự ngành Tài nguyên - Môi trường tại địa phương, đặc biệt là tại các cơ sở xã, phường, thị trấn còn quá mỏng, trình độ non kém trong khi đây lại là những nơi phát sinh nhiều vấn đề phức tạp về đất đai, môi trường…

Sau khi nghe ý kiến đóng góp của các đại biểu, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng cho rằng, vấn đề lớn nhất của ngành Tài nguyên và Môi trường hiện nay là phải sớm hoàn thiện thể chế, chính sách pháp luật liên quan đến quản lý, sử dụng tài nguyên - môi trường sao cho có hiệu quả và tiết kiệm. Những quy định, chính sách, các luật không còn phù hợp thì cần tiếp thu ý kiến để sửa đổi cho phù hợp. Thủ tướng cho rằng, đã là tài nguyên, sử dụng tài nguyên thì cần phải có quy hoạch. Vấn đề quy hoạch tài nguyên đất nhìn chung hiện nay chưa hoàn thiện, vẫn còn tồn tại nhiều dự án quy hoạch treo, quy hoạch rồi bỏ đó. Theo Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng, Bộ Tài nguyên và Môi trường cần thảo luận kỹ vấn đề quy hoạch, lập quy hoạch cho tốt, tránh tình trạng xin - cho nhiều lần. Đi liền với quy hoạch là phải thực hiện phân cấp để địa phương làm theo, trên tinh thần quy hoạch nhưng vẫn phải đảm bảo quyền lợi của người dân trong vùng quy hoạch. Về việc định giá đất, Thủ tướng cho rằng vẫn phải tiếp tục duy trì việc định giá đất theo cơ chế thị trường, bám sát giá thị trường, có sự quản lý của Nhà nước. Chính điều này mới có thể làm cho thị trường nhà đất trở nên minh bạch, lành mạnh.

Một trong những vấn đề Thủ tướng trăn trở là bộ máy cán bộ ngành Tài nguyên - Môi trường hiện nay vừa thiếu lại vừa yếu. Theo Thủ tướng, cán bộ tại cơ sở là rất quan trọng, do vậy cần được tập trung bồi dưỡng, đào tạo trong thời gian tới. Các Sở Tài nguyên - Môi trường cần xem xét lại bộ máy nhân sự, ở lĩnh vực nào đáng bớt thì bớt, lĩnh vực nào cần tăng thì phải tăng, tăng cả về số lượng và chất lượng.

Về nhiệm vụ trong thời gian tới, Thủ tướng nêu rõ 3 mục tiêu quan trọng của đất nước, đó là tăng trưởng cao, cải cách hành chính và chống tham nhũng. Do vậy, nhiệm vụ chính của ngành là phải tập trung quản lý Nhà nước trong công tác quản lý đất đai, tài nguyên, nhất là vấn đề đất đai phải hoàn thiện cơ chế định giá đất theo cơ chế thị trường có định hướng của Nhà nước; đồng thời tiến hành hoàn thiện quy hoạch và cải cách hành chính, loại bỏ những thủ tục rườm rà.