1. Chương trình trồng mới 5 triệu ha rừng giai đoạn 2006-2010

2. Chương trình quốc gia về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn 2006-2010

3. Chương trình phát triển nông thôn mới giai đoạn 2006-2010

II. Chương trình trọng điểm cấp quốc gia

1. Chương trình trọng điểm phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực nông nghiệp và PTNT giai đoạn 2006-2020

2. Chương trình cải cách hành

3. Chương trình quốc gia phòng chống dịch cúm gia cầm và bệnh lở mồm long móng giai đoạn 2006-2010

4. Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo giai đoạn 2006-2010

5. Chương trình quốc gia về bảo hộ lao động giai đoạn 2006-2010

6. Chương trình phát triển kinh tế xã hội vùng trung du miền núi Bắc Bộ; chương trình Tây Bắc; chương trình 134; chương trình 135.

III. Chương trình trọng tâm cấp Bộ:

1. Chương trình giống cây trồng, vật nuôi và giống cây lâm nghiệp giai đoạn 2006-2010

2. Chương trình nâng cao tiềm lực khoa học công nghệ và đổi mới cơ chế quản lý khoa học công nghệ

3. Chương trình nâng cao năng lực hệ thống thú y, bảo vệ thực vật và khuyến nông

4. Chính sách chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, cơ cấu sản xuất nông nghiệp các vùng

5. Chương trình nâng cao khả năng cạnh tranh một số mặt hàng nông sản chủ lực của Việt Nam

6. Chiến lược về Hội nhập kinh tế quốc tế

7. Chiến lược về Khoa học công nghệ đến năm 2020

8. Chương trình hành động về phát triển nông nghiệp, nông thôn Tây nguyên và các công tác theo sự phân công của Ban chỉ đạo Tây nguyên

9. Chương trình phát triển nông, lâm, thuỷ sản vùng Tây Nam Bộ và các công tác theo sự phân công của Ban chỉ đạo Tây Nam Bộ

10. Chương trình phát triển kinh tế hợp tác, hợp tác xã, kinh tế tập thể trong nông nghiệp, nông thôn

11. Chương trình phát triển rau hoa quả, điều, chè, lâm sản, muối giai đoạn 2006-2010

12. Chương trình xúc tiến thương mại hàng nông lâm sản

13. Chương trình rà soát quy hoạch 3 loại rừng

14. Chương trình chống chặt phá rừng và phòng cháy chữa cháy rừng

15. Sắp xếp lại hệ thống kiểm lâm